源泉徴収税額と申告納税額の差

入力データを見られないため断定した回答はできませんが、入力内容に誤りがあると思われます。再度、入力した金額、入力すべき欄に金額が入力されているか確認をされた方が良いと思います。

御返答ありがとうございます。
入力データを確認しましたが、一つ思いあたるとすれば会社の持株会（上場株式）の配当が源泉徴収された上で給与口座に振り込まれており、この金額は給与所得ではなく配当所得に入力すべきですか？

持株会の配当であれば、配当所得に入力します。

ありがとうございます。
重ねての質問で大変恐縮です。
会社から発行されている源泉徴収票の「支払金額」の中に配当金は本来含まれておりますか？そこには含まれておらず株式配当の支払通知書内容を別途入力するという事であれば総合課税の税率の方が配当に対する源泉税率より高いので確定申告不要という認識なのですが。

給与所得の源泉徴収票の支払金額の中には、配当金は含みません。なお、上場株式であれば、すでに源泉がされていますので確定申告をするかどうか、税率等で判断して申告不要を選択することもできると思います。

御返答ありがとうございます。入力データに間違いはないか念の為税務署でも確認して頂いたところ、間違いはありませんでした。月々の給与に対する源泉徴収の金額は概算の為、実際の源泉徴収額との差（本来年末調整する額）との事でした。これで納得するしかないでしょうか？

税務署が確認して間違いがないのであれば、ご納得いただくしかないと思います。