海外留学中に日本で発生した所得の申告について

回答します

　最初に貴方が、居住者に該当するか非居住者に該当するかを確認しないといけません。
　留学が1年以上の相手国に滞在する予定である留学の場合は、出国の翌日から、日本の非居住者に該当しますし、その留学が1年未満の短期留学の時には居住者に該当します。

　居住者に該当した場合は、現在と同様の課税方法になります。
　非居住者に該当した場合、貴方が得る報酬がどのような「所得※」になるか確認しないといけません。その上でしょの報酬が「国内源泉所得」に該当する場合、日本での課税が生じます。
　※居住者の所得区分とは異なります。

　「個人事業」であるとの話ですの、①事業の利得、②給与等人的役務の提供の所得、③著作権の譲渡又は使用料　に該当する可能性が高いと思われます。そこで、その前提で説明します。
　①事業の利得（他の所得に該当しないことが前提）に関する報酬に該当する場合は、日本国内に支店のような恒久的施設や貴方の代理として契約を締結する権限を持った者を通して営業している場合等は、確定申告が必要になりますが、それらがない場合は、日本での課税はありません。
　②人的役務の提供による報酬は、原則、日本で勤務（働く）した部分以外は、日本での課税はありません。
　③デザイン等の著作物にかかる使用料の場合、日本国内で報酬の支払の際に20.42％（租税条約の届出書を提出した場合５％）の源泉徴収がされます。
　租税条約の届出書は、報酬の支払う前日までに、報酬の支払者を通じて正副2部提出することにより軽減措置が受けられます。

　エストニアの手続きや課税に関しては、エストニアの課税当局にご確認ください。
　なお、エストニアとの租税条約では留学生免税がありますが、当該規定は「生計、教育費等のための給付金」が対象であり、事業の利得は含まれないと思われますが、この点もエストニアの課税当局にご確認ください。

　国税庁HPから非居住者の課税関係について、「源泉徴収のあらまし」の箇所が一覧表になっており、かつ、項目ごとに説明がされていますので参考にしてください
　貴方の報酬がどの「国内源泉所得」に該当するかご確認ください。
　７枚目（Ｐ270）の一覧表をご覧ください。https://www.nta.go.jp/publication/pamph/gensen/aramashi2019/pdf/12.pdf

お世話になっております。丁寧なご回答を頂き、本当にありがとうございました！
少しずつクリアーになってきた感じです。一つずつ確認をして、留学の準備に備えたいと思います。

ベストアンサーをありがとうございます。
　大変な時期ですが、頑張ってください。