前年度申告済み固定資産について

実際に取引があった以上、除外することはできません。
まして、申告済みの分までなかったことにすることはできません。

法人であることを前提に回答します。

保険金収入か全て課税対象といっても、購入した車の代金は、損金（一部は減価償却費として）になるわけですし買値と、保険金収入の差は、現にプラスならお金としてあるはずです。
そして、まだ保険金収入の決算期が終わっていなければ、圧縮記帳で課税の繰延も考えられるところです。

個人の場合は、保険金は非課税です。ただし、それに対応する費用の計上はできません。

言葉足らずで申し訳ありません。
当方個人事業主で、自動車は個人所有で家事按分しています。前年度、事業使用分のみ保険金は課税所得で申告しました。この削除も難しいでしょうか？

突発的な事故により資産に加えられた保険金は、所得税は非課税。
ただし、その事故による損失や修繕費は必要経費に算入できません。
もし、保険金より費用の方が多かった場合は、事業に関係する部分だけですが、超える部分は必要経費に計上できます。

もし、保険金を収入に計上したのなら、その処理は誤りです。
家事使用分、事業使用分ともに収入に計上する必要はありません。
所得が過大になっていますので、更正の請求ができます。

詳細なご回答ありがとうございます。