譲渡所得の確定申告

面倒なことになってしまいましたね。結論とすれば、貴方に申告・納税の義務が生じてしまうように思われます。
まず税務署は、登記所から回される登記簿に注目しています。そしてその登記簿に知人と共有の不動産を貴方が売却したと記載されていました。であれば「譲渡所得を申告せよ」と要請してくるのは当然のことといえます。
ただし実際には、貴方は保証人の立場の保全の意味から名前を出しただけという立場にあります。したがって、貴方はそうした実態を税務署に説明・立証する必要がありましょうが、おそらくそれは不可能だと思います。つまり税務署は、実態がどうなのかということに首を突っ込み出すと、大量の課税実務に対処しきれなくなります。その結果、登記簿の表示という外形上の事実を前提に処理していかざるをえないわけです。
なお補償の保全の意味とはいえ、二人は事実と違う共有の登記を行っています。堅い話をすると、これは更正証書原本不実記載といった刑法の規定を犯していることになります。やはり登記簿に記載されている以上は、税務署を含め世の中はその記載事項を前提に動いているわけです。
したがって貴方は、この問題の処理はこの友人に持ち込むことになります。つまりこの申告を行った上で、友人にその税の支払いを要請するわけです。そもそも実際は友人がそのすべてを売却しているのですから、譲渡税も友人が払うのは当然の話です。
一方、その友人がその要請から逃げ回る等の不誠実な人であった場合には、その税は貴方が負担するより他ありません（これを放置するとやがては差押されることにもなりかねません）。そして最終的に友人から負担額を回収できなかったとすれば、現実的には諦めるしかないと思います。そうした人の保証人になってしまった以上、致し方ないように思います。

丁寧なご回答、ありがとうございます。