申告分離課税の所得は確定申告不要制度の対象となるかどうか

個人を前提に回答します。

①及び③
確定申告は、所得があれば申告義務があるのではなく、税額控除は配当控除のみで、通常の方法で計算して税額が算出される場合に申告義務を課しています。
さらに、株式は、一般口座、特定口座源泉徴収あり、特定口座源泉徴収なしに分かれます。（このほか株の売買しない前提の特別口座があります。）
また、非課税口座のＮＩＳＡ、積立ＮＩＳＡもあります。

非課税口座は、預入限度がありますが非課税なので、申告しません。
特定口座源泉徴収ありの申告は任意です。

それ以外は、原則通り税額が出れば申告が必要です。
基礎控除は４８万円ありますので、１万円の譲渡所得以外に所得がなければ税額は出ませんので、申告は不要です。


②
当然、適用できます。
前述の規定の例外で、20万円ルールに該当すれば、確定申告しなければそれで良いという規定です。
医療費控除やその他の申告で確定申告するのであれば、前述の通りにしてください。

ありがとうございます。
それでしたら、所得税法第120条（自分がわかりやすいように改変済み）は、申告分離課税である「上場株式等の譲渡所得」にも適用されるということですね。
「上場株式等の譲渡所得」は「総所得金額、退職所得金額、山林所得金額」ではないので、1円でもあれば確定申告が必要かと思っていました。

所得税法第120条第1項本文
その年分の総所得金額、退職所得金額及び山林所得金額の合計額が所得控除の合計額を超える場合において、当該総所得金額、退職所得金額又は山林所得金額からこれらの控除の額を控除した後の金額をそれぞれ課税総所得金額、課税退職所得金額又は課税山林所得金額とみなして税率を適用して計算した場合の所得税の額の合計額が配当控除の額を超えるときは、第三期において、税務署長に対し、次に掲げる事項を記載した申告書を提出しなければならない。

租税特別措置法の規定は、租税特別措置法で読替規定があるのが普通です。ただ、読替規定非常に難解で時間がかかりますから、解説書等で確認された方が良いと思います。

丁寧に対応いただき誠にありがとうございました！
疑問点解決できてよかったです。

また機会ありましたらよろしくお願いいたしますm(_ _)m