確定申告、税務調査とその権限について

仕事で販売した商品が余って、それをお客様から無償で譲り受け転売した額が年間で20万を超えた場合、確定申告の際はどの項目で申告するのがベストでしょうか？

→仕事で販売した商品が余って、それをお客様から無償で譲り受けというのがよくわかりません。
ご質問者様は会社員と推察しますが、単に無償で商品を渦り受けたのであれば、商品の時価相当額が贈与税の対象、転売した場合は転売価額が総合課税の譲渡所得の収入金額、贈与時の商品の時価相当額が取得費になると思います。

また税務調査をされ入金履歴等を調べられた際に、その収入を勤務先に通達するような権限を持っているのでしょうか？

→税務署のすることなのでわかりませんが、勤務先に通報するのは税務調査とは関係ないように思います。

違法行為はしておりませんが、個人への税務調査をきっかけに警察に通報するような権限まで持っているのでしょうか？？

→悪質な税法違反と判断されれば、税法違反で刑事告発される可能性もあります。
失礼とは存じますが、質問内容に違和感を感じます。税法以外の横領や背任といった刑法上のリスクがあるように思います。

前田様

早速ご回答ありがとうございます。
会社員で電材系の販売をしており、お客様に販売→意図的ではなく単純に不要になった物を貰いました。もちろん会社としてキチンと請求もしてお金も頂いております。

確定申告のアドバイスありがとうございます。
来年やってみようと思いますが、
『転売した場合は転売価額が総合課税の譲渡所得の収入金額、贈与時の商品の時価相当額が取得費になると思います。』
この部分がいまいち理解できませんでした。。もう少し詳しく教えて頂けないでしょうか。申し訳ありません。

税務調査についてもご回答有難うございます。
確かにこの文面だと少し怪しかったですね。悪質な税法違反とは例えばどのような事例があるのでしょうか？？

すみませんが、文面だけでは確定的な判断ができませんので、思いますと回答させていただきました。
税務署に事実を話してご相談ください。