夫名義の住宅　妻が頭金　借用書

100％夫名義で奥様がお金を出されると、夫婦であっても贈与になってしまいますので、110万円を超えるようであれば返済される方が良いと思います。
一時で返済が難しければ、貸借の契約書を作成され、利息を付けて毎月一定額を返済していけばよいでしょう。

ありがとうございます。

一括で返せる目処がついたので、返そうと思うのですが、振込の方がいいのでしょうか？

送金でも大丈夫ですか？

また、年を跨いでしまっているのですが、大丈夫でしょうか？

特に振込にこだわる必要はありません（振込料もかかりますし）。
通帳に「妻からの返済」などと記入いただき、後から分かるようにしていただければ大丈夫です。
贈与税の申告期限である3/15までに返済すれば大丈夫ですし、実務上は金額が少なく、かつ悪質なものでなければ返済は贈与として課税されることはよほどありません。