「住宅取得資金の贈与税の非課税」について。

まず、娘さんのご主人は養子にされているのでしょうか？この特例は娘さんの配偶者と言うだけでは使えません。
理屈としては娘さんへの贈与なら使えるとは思いますが、例外的なケースのため、事前に税務署と相談した方がよいと思います。
二世帯住宅であるというのも少々例外的で難しいですね。構造上別なのか、一体なのか、このあたりは相続税の小規模宅地等の課税特例の規定が参考になりそうです。
税務上、構造が別と判断されるならそもそもこの贈与税の特例の適用は無理ですし、一体と判断されるなら、この特例も使えますし、相続税の小規模宅地等の課税特例も使えるでしょう。
その他諸々要件があり、なおかつ特例を受けるための添付書類を付した贈与税の確定申告が必要です。
私のご記載の事実からの推測で申し上げます。
おそらくこの住宅は相続財産として重荷にはならないと思います。ローンを組んでの購入でしたらおそらく相続財産としてはマイナスになると思います（取得したての住宅の評価額は通常購入額の7割程度です）のであまりこの住宅の事については相続税の事は考えなくてよいのではないでしょうか。
先に述べたように、居住用財産には相続税の特例もありますし、贈与税の申告に手間がかかると思います。

小野先生、早速のご回答ありがとうございます。
後々の相続税の心配と言うより、少しでも娘の名義にしておいてやりたいと思い、今回の「住宅取得資金の贈与」を思いつき、現金以外、ローン分でもこの制度が利用できるのかを知りたく、ご相談させていただきました。
ちなみに娘の夫は養子ではありません。