不動産売却益を妹と按分する場合、贈与税がかかりますか。

ご質問者が相続された不動産の譲渡所得はご質問者に帰属します。
妹さんに対しての金銭の支払は、贈与税の対象になります。
贈与税の基礎控除は年間110万円になります。110万円の暦年贈与を活用されたら良いと考えます。

回答させて頂きます。

〈按分額〉
相続した際に相続税が発生していない場合、妹様にお渡しする金額は売却金（約１千万円）から所得税及び住民税を控除した金額の半分になります。

〈贈与方法〉
１月１日から１２月３１日の１年間に財産を贈与し、受贈した金額が１１０万円を超える場合、財産をもらった人は贈与税の申告義務が発生します。
毎年１１０万円以下の金額をお渡しすれば、贈与税は発生しません。しかし今回のご質問のように、あらかじめ贈与する総額が決まっている場合に、贈与税が発生しないように分割して贈与しているとして、税務署から「連年贈与」と認定され、分割して贈与していた場合でも贈与総額で一括贈与認定される可能性があります。
連年贈与にならないようにするため、以下の方法が一般的です。参考にしていただければ幸いです。
■１１０万円以下の場合でも、贈与の都度（毎年）、贈与契約書を作成する。
※贈与総額は絶対記載しない。
■ある年は１１０万円を超える贈与をし、贈与税の申告を行う。
■毎年、違う時期に異なる金額で贈与を行い、連年贈与でない（単発）ことを強調する。

　年間110万円の贈与税の非課税を適用したほうが良いと思います。
　なお、妹様に子供がいる場合には、その子供にも110万円までの贈与をすることによって、贈与する期間を短縮することができます。