父が持つ自宅兼店舗を息子の名義に変更したい場合、どんな手続きを取ればよいのでしょうか

お父様が健在のうちに建物の名義を変える場合には、「売買」か「贈与」で名義変更を行うことになります。
「売買」の場合には建物代金（適正時価）をお父様に支払って名義を移すことになります。
売買代金の支払いがない場合には「贈与」で名義を移すことになりますが、この場合には相談者様に贈与税がかかりますのでご注意ください。
名義を変えるときの費用としては、登記費用（登録免許税と司法書士の手数料）が生じます。金額に関しては建物の評価額によって異なります（十数万程度はかかると思われます。）。
宜しくお願いします。

ありがとうございました。
父がお店を真面目に営業せず、遊び歩いているので、私が代わりに店をやりたいと思っています。
父とは衝突するでしょうが、売買か贈与の話をしていきます。
大変参考になりました。

ご連絡ありがとうございます。
贈与の方法の一つに「相続時精算課税制度」の特例があります。この特例を使った場合には2500万円の特別控除がありますので、物件の評価額が2500万円以下であれば贈与時の贈与税は回避することができます。
但し、将来の相続の時点で相続税で精算することになりますので、実行の際は事前に専門家にメリット・デメリットをご確認の上、実行するようにしてください。
宜しくお願いします。