別荘の土地の資産価値に関して (町有地貸付)

町が町有地の貸し付けを行い、その上に別荘を建てているという状況のようですね。結論としては、建物部分は固定資産税評価額が相続税評価額となり、土地部分の相続税評価額は0円であると思います。
一般的には、他人の土地に自分の建物を建てた場合、借地権という権利が発生し、それは財産として評価の対象とします。
この借地権の評価額については、その土地の固定資産税評価額（又は路線価）や賃料を含めた細かい契約内容を見てみないとわからないのですが、原則として賃料を高く払っていれば借地権の財産価値はやすくなり、一定以上になると借地権の評価は0円になります。
今回のケースでは町が政策的に行なっており、町が賃料を定めています。一方でその土地の固定資産税評価額（これは現状では不明）も町が定めるものです。
このことから推測して、上記結論としました。
なお、ご心配なら、その土地を貸し出している町の担当部署又はその町の税務課に問い合わせてみてはいかがでしょうか？
「賃料を払っていますが、借地権として相続税の課税財産として評価しなければならない程度でしょうか？」等と尋ねてみてください。

この度は早急なご回答ありがとうございました。

助言頂いたように、町有地を貸し出している町役場に確認しました。
相続時の価値(土地)としては
2700円/平米 x 1.1倍 x 1000平米 = 297万円
との回答を頂きました。

小野先生の回答では
「土地部分の相続税評価額は0円であると思われる」
との見解を頂いたのですが、大変申し訳ございませんが、
上記役場担当者との回答内容との関連がいまいち理解出来ません。

私の相談内容が不明確で情報が不足しているとも思いますので申し訳ございません。

やはり契約時に支払った特別賃貸料(契約時納入金)360万は、
その土地の権利を一時的に買い取ったような感じなのでしょうか?
役場のHPには「借地権期間 30年間」と記載がありので、
30年間は私の権利(持ち物)というような考え方なのでしょうか?

私が初めに投稿した質問にも一部誤りがありました。
毎年納付している40,000円ですが、「町有地貸付普通賃貸料 通知書」であって
「納税通知書」ではありませんでした。

重ねての相談になってしまい恐縮ですが宜しくお願い致します。

まず、町役場の回答から該当する土地の固定資産税評価額が平米あたり2,700円であることがわかりました。
もちろんその土地について貴殿は所有しておらず借りているだけなので固定資産税は徴収されません。
もしも、その土地を貴殿が所有していた場合の相続税評価額は2,700円×1.1＝2,970円となります。
税務上は他人の所有する土地に貴殿の建物を建てた場合、「借地権」という財産が存在するという考え方をします。
安い地代で借りていれば財産としての借地権は高額に評価され、高い地代で借りていればそれは安価に評価されます。
そして一定額以上の地代を払っていれば、財産としての借地権の金額は0円になります。
その一定額については国税庁のタックスアンサーNo5732に記載があり、相続税評価額の概ね6％とされています。
貴殿の場合は平米あたり相続税評価額が2,970円の土地について年間あたり160円（契約時支払い分120円＋毎年支払い分40円）の地代を払っています。
これは、相続税評価額の約5.4％になります。5.4％であれば、私は概ね6％にあたると思います。
（5.4％の地代が相当の地代である概ね6％の相当するかどうかは税務署に聞けば教えてくれるはずです。）

ずいぶん前の投稿になりますが、その後自分なりに勉強し、今一度読み直しさせて頂きました。
やっと小野先生の助言内容を理解出来ました。
改めてご丁寧わかりやすい回答にお礼を言いたく文字になりますが、本当にありがとうございました。