実質法人資産だが名義は役員個人建物について

法人が資産に計上できるのは原則として法人の所有するものに限られます。
ご記載の許可の申請の都合という事情の詳細や、そのようにしなければいけない背景などでご記載のようなことが可能か否かを判断する必要がある内容であって、ネット上の無料相談コーナーでは判断ができませんので、直接、税理士にご相談いただいた方がよろしいかと思います。

税理士に尋ねたところ、法人で償却可能と言われました。
本来法人しか事業で使用しないから、名義上やむを得ず個人になるだけで経緯からするとそれは納得できました。

ただ、今後、相続となると、税理士は、もちろん登記は個人だが、法人所有になるから相続財産にはならないと言うのですが。

顧問税理士がそう言っているのであればそうなのでしょう。
ネットの文面だけで、具体的な内容を知っている顧問税理士と異なる回答をすることは出来ません。