未分割の二次相続

死亡退職金に関しては、会社の場合は就業規則や退職金規定などで定められた人に対して支給されるため、まずお父様の勤めていらした会社の就業規則等によって受取人が定められているかどうかを確認する必要があります。
そこで受取人が「配偶者（妻）」となっていれば、その死亡退職金は遺産分割の対象とはならず、お母様の固有の財産となります。お母様の口座に入金されているとなりますと、この線が強いかもしれませんね。
一方、単に「相続人」とか、「遺族」としか規定していない場合には、相続人全員の共有財産とする考え方もありますので、その場合には相続人の分割協議の対象となってまいります。
お母様の財産に関する相続税の申告漏れ等を防ぐためにも、お父様の勤めていらした会社の、就業規則等での死亡退職金の受取人の確認をすることが先ずは必要かと考えます。

上記受取人が「配偶者」となっていれば、お母様が受けたられた退職金はお母様の財産となりますので、差引ことはできず、それを含めてお母様の遺産分割の対象となります。
お父様の遺産ではありませんが、ご兄弟で相談された割合になるように調整して、お母様の預金を協議して分割して頂ければ宜しいかと思います。

また、投資信託の時価は昨今大きく変動していますので、皆さんの間で揉めないことを優先するとなると、現在の時価を基に分割することが望ましいのではないかと考えます。
宜しくお願いします。

早速のご回答ありがとうございます。
退職金については父が生前に受けとっており全額を信託銀行に保管し運用しておりました。　一次相続時に他の預金口座と同様に母の名義に変更しております。　その時点で目減りしていたため兄弟２人での分割を先延ばしし、そのままにしておりました。　問題は今になってその分を母が相続したものでなく、一次相続時の遺産分割協議書によって、こども２人が相続した財産だと税務署に主張できるかどうかということです。　後付けのようで難しいかと思いますが、このような場合、税理士の先生に相談すれば何かよい方法をお教えいただけるのでしょうか。

ご連絡ありがとうございました。
お父様の退職金につきましては生前のものであることが分かりました。
文章中に「一次相続時に他の預金口座と同様に母の名義に変更しております。」という表現がありますが、お父様の預金をお母様名義に変更した行為が、どのような方法（手続き）でなされていたのかがポイントになります。
１． お父様の預金についてはお母様が相続するということを相続人全員で協議決定しお母様の名義に変更したのか、
２． お父様の遺産に関しては相続人間での協議が行われていない「未分割」の状態であり、便宜的にお母様名義の口座に仮保管されていただけなのか、
のどちらなのかによって異なって参ります。

１の場合には、すでにお母様が相続されたものとなりますので、「今になってその分を母が相続したものではない」とすることはできません。お母様名義に変更された時の書類や金融機関に提出された文書等で、その時の事実関係を確認し判断することになります。

２の場合には、お父様の遺産については未だ分割協議が整っていないことになりますので、現在生存されているお父様の法定相続人全員で、お父様の財産をどのように相続するか協議することになります。お母様の名義になっている預金は「名義預金」であり、実態はお父様の財産であることが立証できれば、お母様の財産から外しお父様の財産として分割協議の対象とすることが可能かと考えます。

繰り返しになりますが、お母様の名義に変更された時の状況がどうであったか、その事実認定の問題になると思いますので、当時の関連資料を再度ご確認いただき、上記の「１」と「２」のどちらに該当するのかをご確認頂ければと思います。
宜しくお願いします。

丁寧なご回答ありがとうございます。
銀行に提出した資料を確認し、手続きを進めていきたいと思います。