実家の相続に関する相続税についてお聞きしたいです｡

仮にいわゆる家なき子にご主人が該当したとしても免除はされません。
小規模宅地等の特例は一定の面積まで評価額を80%減額する特例です。
適用要件を満たしているとして、期限内申告が未分割申告であった場合において、申告期限後3年以内の分割見込書を提出しているときは、遺産分割が成立してから4ヶ月以内に限り更正の請求という手続きをすることで、小規模宅地等の特例を適用することができます。
店舗につきましても、状況によっては小規模宅地等の特例を適用できるかもしれません。
適用要件は多くありますので下記URLよりご確認ください。
国税庁HP: 相続した事業の用や居住の用の宅地等の価額の特例（小規模宅地等の特例）
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/sozoku/4124.htm

相続税の申告は高い専門性が必要となりますので、相続に強い税理士にその申告について更正の請求ができるのか、ご相談されることをお勧め致します。

家なき子特例というのがあるそうで､持ち家でなく賃貸の場合は、免除されるようなことも聞いたのですが､どうなのでしょうか?


免除ではなく、実家の土地の評価額が軽減され、結果・・・税金が安くなります。
これを適用された可能性はあります。

故人(親)と別居していた場合、先程の家屋敷だけでなく、外の土地(例えば田んぼや貸し店舗等にも相続税の負担が変わって来るのてしょうか？あと、預金も)


相続財産いかかる税金なので、すべてを足して、税金を出します。
ので、変わってきます。

詳しく教えてくださり、ありがとうございました｡
相続が完了してしまっていたら､変更は出来ないのでしょうか?

未分割申告でないのであれば、小規模宅地等の特例は当初申告で選択しないと適用できません。