登記簿と森林簿と保安林台帳で面積が異なる時の対処

　お尋ねの不動産登記簿、森林簿、保安林台帳は、それぞれに目的が三者三様で地籍も異なるということが多いようです。
　地方自治体の「森林課」等とご相談されてはいかがかと思います。
　一部の府県の実情を踏まえ、参考まで補足しますと森林簿は、現時点の登記簿等と所有者、地番が違うケースがあるとか、また、保安林は地番毎に指定され、通常は地目が「保安林」で不動産登記されるところ、地番の一部分のみが保安林に指定されている場合、地目が「山林」のままということもあるようです。
　地元自治体に個別にお聞きになることが最良かと思います。

ご回答ありがとうございました。森林課に相談してみます。

　十分な回答にはならなかったと思います。
　ご検討をお祈りします。