両親の交通事故、植物状態(意識は有)、任意保険による保険金の受取

　　回答します

　　お父様が「被保険者」であったとしても、会社が「契約者」であったので、その保険事故に伴う保険金は会社の収入になります。
　　そのため、ご家族だとしても当該保険金を自由に処分することはできません。（現状では、保険金はお父様の「資産」にはなりません）
　　もしも預金の引き出しをしている場合は「会社からの借入」等としなければなりません。

　　税務署から問い合わせがあるのは、保険金の入金の情報は税務署が分かっていることと、確定申告がされていないためと思います。「疑っている」のではなく、「申告するように」との督促と思われます。

　　他の役員の方はいないのでしょうか。役員の方がいれば、どなたかを「代表者」として選任し、今後の会社の経営をどのようにするかを決めないといけません。

　　例えば、事故にあったお父様には「退任」してもらい、当該保険金相当額を「退職手当金」として支給してもらうなどして、今後の生活費などの費用に充てていただき、会社はお父様がいない場合運営が難しい場合は、解散・清算結了して会社を閉めるなど残務整理をするなどしないといけません。

会社として契約したのではなく個人で契約したもので、保険会社様からも個人のもので非課税と言われました。
それをただ父の会社のほうに入金という形ですので自由にお引き出ししても大丈夫と、この税理.com様でお聞きしました。

またこの保険金はまだ入金もされておらず
数ヶ月後に入るものですので現段階で申告云々は関係のないものと思われます。

回答します

　それでは、税務署としては「保険金」の情報ではなく「申告しょうよう」のみの連絡でしょうか。
　その場合は、事情を説明するとともに、他の役員さんにどなたか代表をお願いし、申告などの手続きをお願いすることになります。

　もしも、「保険金」についての問い合わせのようでしたら「保険証書」などを提示して一旦会社に入金されたものの、代表者個人のものであると、同様にご説明してはいかがでしょうか。