会社に扶養控除の見直しという文書がきました

国税OB税理士です。会社から「扶養控除見直し」が届くと焦りますよね。

結論から言うと、過去3年分に遡ってお父様の専従者を取り消し（修正申告）、ご主人の扶養に入る手続きは十分可能です。自主的に動けば、ご主人の会社にもご迷惑はかかりません。

【税務上のルール】
専従者給与を受けている方は、金額の多寡にかかわらず他の方の扶養（配偶者控除等）に入ることができません。そのため、ご主人の扶養に入るには、お父様の事業の専従者を取り消し、お父様の修正申告を行う必要があります。

お父様がご高齢であれば、事情を説明して理解を得た上で、あなたが代理で税務署に相談・手続きに行くのが一番スムーズです。

【手続きの流れ】
お父様の修正申告については、過去3年分の「専従者給与」をゼロにして提出します。
なお、お父様に過去分の税金・住民税の追加が発生します。

ご自身の確定申告については、パート収入のみの申告に修正します。

ご主人の会社への報告については、「手違いがあったため税務署で過去分の専従者取消（修正申告）を完了しました」と報告すれば問題ないと思います。

【税務署へ持参するもの】
お父様の委任状・印鑑・マイナンバー確認書類、過去3年分の確定申告書の控え、ご自身の源泉徴収票を持参してください。

税務署から本格的な指摘を受ける前に自主的に修正申告をすれば、重加算税などの悪質なペナルティはつきません。十分解決できる内容ですので、安心して手続きを進めてくださいね。

早々の回答ありがとうございます。扶養控除見直しの文書は…国税局から会社にきていて、行政指導と書いてあります(LINEで主人に見せてもらいました)手遅れですか？
教えていただいた通り、父が修正申告、私が確定申告の修正すれば大丈夫でしょうか？
父には税金、住民税が高額くるとは思いますが、この方法で会社に迷惑がかからなければいいです。

「行政指導」という言葉を目にすると、「もう手遅れなのでは…」「大変なことになった…」と非常に驚かれたこととお察しいたします。
結論から申し上げますと、決して手遅れではありません。前回お伝えした手順（お父様の修正申告・ご自身の修正申告）を進めていただければ、しっかり解決できますので安心してください。

国税の現場を知る立場から、以下ポイントをお伝えします。
「行政指導」の文言は、行政の立場で指導等をする場合に責任の所在を明確にするために明記しているもので、それ自体が何か恐ろしく、厳しいというものではありません。
つまり、「国税局（税務署）が調査に入る（税務調査）前に、間違いの可能性がある箇所を自主的に確認・訂正する機会を与えます」というお知らせ（お尋ね）のことです。
すなわち、「本格的な調査・処分の前段階」ですので、この通知が届いた段階で自主的に手続きを行えば、実務上は「国税局（税務署）からの指摘を受ける前の自主修正」と同等に扱われます。

通知を受けてすぐ手続きを進めれば、会社への迷惑も最小限で済みます
国税局（税務署）から届いた文書に対して、ご主人の会社は「該当箇所の是正結果」を国税局（税務署）に報告する必要があります。ご相談者様がお父様の修正申告を速やかに済ませ、「税務署で修正手続きを完了しました」と会社に報告すれば、会社側もその旨をそのまま処理して終了できます。

お父様の追加の税金負担は発生してしまいますが、ご主人の会社に迷惑をかけず、法的にも正しく解決するための最善の方法です。焦らず、一歩ずつ手続きを進めていってください。

精神的にも救われました、ありがとうございます。税務署に行けば同じような修正申告を勧めてくださるのでしょうか？日にちの制限も書いてありましたが、なるべく早くが良いのでしょうか？

一度、税務署へ行き事情を説明し、ご相談してみてください。親切丁寧に応対していただけると思いますよ。そのときに修正申告のご相談もされてはいかがでしょうか。また、日にちの制限の件ですが、国税局はご主人の会社に期限を切って回答を求めていると思いますので、なるべく早く対応された方がいいと思います。

今回のように、親切丁寧に対応してもらえるとありがたいです。税務署に行くのも怖かったのですが、修正申告を教えてもらったり、手遅れではないと分かったので、早急に出かけたいと思います。