出張時の旅費日当の様式

ここで疑問に思ったのが、宿泊費は別で記載があり、交通費は直接払いしているとなると、日当として記載されている部分は宿泊費や交通費ではないという事になりますよね。

そのようなことはない。
そのような記載の日当部分でも給与課税されず課税仕入と出来る旅費交通費と認められるのでしょうか？
不当に高額でなければ、そのようなことはない。
会社の担当者に今まで給与課税されたことがあるかどうか聞いてください。

自分も若いころは同じような事を考えたものです。

日当につきましては、制定された当時は、現在のように交通機関や宿泊施設が発達しておらず、出張自体がまれな時代に、移動先での出費が多かった時代（アメニティグッズの購入など）に認められていたものが、慣習として残っているのかもしれませんね（私見）

現在では、なんの必要経費になるのか、不思議でしかないです。ご質問者様のように給与手当的な性質と考えてもおかしくないです。

慣習、の一言ですね。

旅費規定において、出張で日当の規定があるようであれば旅費として処理をすることが認められています。
出張の日当は、出張中にかかる細かな雑費や、移動・拘束に対する補填として支給される定額のお金を想定しており、昼食代、飲み物代、出張による負担への補償です。
別途、出張先の会議でお弁当がでるような場合は、日当を支給しないなどの規定があることもあります。