他人名義でのネットショップ運営の税務についてご質問です。

私の分かる範囲で記載させて頂きます
参考になれば幸いです

Ｑ> ①友人名義での売上がたってしまいますが、実際に運営しているのは私になるので、私の事業の一部として申告すれば問題ないでしょうか？

Ａ、それが事実であれば貴方にて申告する事となります。
実質所得者課税の原則
「事業から生ずる収益を享受する者がだれであるかは、その事業を経営していると認められる者がだれであるかにより判定するものとする。」
詳しくはhttps://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kihon/shotoku/03/01.htm参照

Ｑ> ②年間売上（1/1〜12/31）が1000万円を超えても私の方での申告で大丈夫でしょうか？

Ａ、上記と同じ
尚、消費税の申告についても貴方が行う事となる。

Ｑ> ③友人は会社員なのですが、私からの手数料が年間20万円以内であれば、特に申告の必要はないでしょうか？（それ以上に支払いになると申告義務が発生しますか？）

Ａ、貴方からの手数料を含め、その方の主たる給与以外の所得が２０万円以下であれば申告は不要（他の要件に該当しなければ）となる。
詳しくは
http://www.nta.go.jp/publication/pamph/gensen/aramashi2009/data/05/index.htmensen/nencho2012/pdf/75-76.pdf参照

Ｑ> ④20万円以内であれば住民税はかかりませんか？

Ａ、住民税には上記の特例は無いので、全ての所得について申告する必要がある。
　　詳しくは、お住まいの市区町村で確認ください。

Ｑ> ⑤上記のような運営の場合、その他に友人名義ということでの何かしらの確認や調査などがくる可能性はありますでしょうか？

Ａ、それについては、関係機関がどの様に考えるかですが、実際のお金の動きに係る名義と申告者が異なりますので、確認等の可能性は高いと考えます。

尚、質問の理解が間違っていましたらご容赦ください。
では、参考までに