住居購入費用の自己資本比率について

自己資金の割合が高いからダメというものではありません。まずは、ご主人、奥様のためられた資金は自分自身がコツコツと貯めたものであるのか否か（親からもらった資金などが入っていないか）ということが大事です。
その通りであれば何の問題もありません。あとお父様お母様からの住宅取得資金の贈与1500万円と500万円の贈与については贈与税の申告を行いますので要件に合致しておれば問題ありません。余談ですが、相続時精算課税贈与の制度を検討していただければ2500万円までの特別控除が適用できますので500万円部分の贈与税発生もありません。最後に税務署からの「お尋ね」ですがアンケートのようなものが来るかもしれませんが、それは所有割合と資金の出所が一致しているか（贈与が発生していないかどうか）を確認するもので、それぞれが出資した持分と登記簿謄本に記載される所有者の持分が一致していれば問題はございません。

丁寧な回答をありがとうございます。
自分たちで貯めていたお金なのは間違いないですが、タンス預金もかなり含まれるためそれを証明する手段がないので心配になり相談させていただきました。

また相続時精算課税贈与は逆に損をする事が多いため使わない方が良いと不動産屋さんに言われ、そうなのか。。。と思っていましたがもう1度よく調べてみます。

相続時精算課税制度を適用して不利になる可能性があるのは親御さんが資産家で将来、相続税の課税があることが大前提になります。相続税の課税があるか、ないかは財産額が3000万円＋600万円×法定相続人の数をこえる資産を持たれている場合です。その場合には相続時精算課税制度を適用した贈与財産は非課税部分を除き、相続の際に計算上、持ち戻しがされます。今回のケースでは500万円がその金額になります。したがって贈与税で先に課税される方が安いか、相続税で将来課税される方が安いかを検討する必要があります。そもそも相続税がかからない方であれば将来、相続時に500万円を計算上持ち戻しても相続税はかからないので相続税の申告は不要ですし、相続時精算課税制度で処理したほうが今の出金が少ないということになります。

ありがとうございます。
親とその辺を相談して見直してみようと思います。
丁寧で迅速なご回答をありがとうございました。