会社がもう貰った持続化給付金は代表者の口座に振り込みできますか。

どういった理由でしょうか？
持続化給付金の主旨は事業継続の支援であって、申請者が法人であれば特段の理由もなく代表者への振込みはできないと思います。
また特段の理由がなければ、役員給与となり代表者は所得、法人は定期同額給与や事前確定届出給与に該当しませんので損金になりません。

前田先生に追加します。
会社が、代表者から、借入金が、あり、
その返済でというなら、問題はありません。
よろしくお願いします。