税務調査の対象について
学校法人に入る税務調査は課税申告している部分が調査対象になるのですか?非営利の部分は対象外であり、反面調査などは行われるのですか?
学校会計を勉強していて学校事務でよくわからないのでよろしくお願いします。
税理士の回答

学校法人の法人税法上の取扱いは、公益法人等と位置付けられており、普通法人が行う事業と競合する事業、つまり収益事業から生ずる所得に対してのみ課税されます。
また、消費税と源泉所得税は納税義務があります。
したがって、学校法人に対して税務調査が行われるのは、収益事業にかかる法人税、消費税及び源泉所得税ということになります。
収益事業ではないものやPTAなどの経費が発生しても
民間企業のように税務署から領収書の確認が行われたりしないということですか?

その通りです。
ただし、源泉所得税の調査の際には支払分は確認する場合はあるかも知れません。
ただし、源泉所得税の調査の際には支払分は確認する場合はあるかも知れません。
源泉所得税の調査の際には従業員から提出された経費を税務調査で確認し、領収書などをチェックすると言うことですか?(収益事業でないとしても)
学校法人の場合でもということです。

学校法人が税務調査を受けるのは源泉所得税の調査の確率が一番高いです。
なるほど。では具体的には源泉所得税の調査の際には従業員から提出された経費を税務調査で確認し、領収書などをチェックすると言うことですか?(収益事業でないとしても)
これはあくまでも一例ですが…

経費の支払いの中に、個人的費用の付け込みや経済的利益など給与課税すべきものがないかという観点から調査を行うことになります。
これから学校事務を担当するのですが
もしも「個人的費用の漬け込み」とかがあった場合どうなるのですか?そもそも、どのようにして業務に無関係な個人的費用だと税務署は判断するのですか?現物を確認したりするのですか?経理担当と税務署で意見の相違があった場合ということです。
また、もしも業員が領収書を可変させていたりした場合はどうなるのですか?

主に学校法人の理事長など役員クラスに関する支出がチェックされるのだと思います。
個人的な飲食費を領収書の宛先を法人名とすることで法人の支出として経理することなどが代表的なものだと思いますが、調査手法に関しては税理士では分かりません。
なるほど。従業員の細かなな領収書よりも理事長や役員といった幹部の領収書が対象になるんですか…
あとどのように税務署は業務関連費用か「つけこみ」のような関係ないものと判断するのですか。
あと、例えばどっちにも捉えられるんとも言えない微妙なものとかあったときはどうするのですか?

領収書の発行者に裏を取りに行くでしょね。これを反面調査といいます。
なお、調査手法の話は税理士ではお答えできません。
理事や役員の領収書とかに関してでも裏を取りに行くのですか。

当然です。先ほどお答えしたとおり一般的に役員がメインの対象になります。
なるほどー。税務調査の対象としてまとめると一般従業員の領収書よりも役員や理事が対象になってくるのですか。
源泉所得税についてよく分かりました。
それで業務関連経費か怪しければ半面調査が行われる感じですかね。。
ご丁寧にご回答ありがとうございました。
実務上、遡及年数としてはどのくらいが多いのですか?
学校法人における源泉所得税の調査では、主に理事や役員クラスの領収書が対象になっていく感じだということですね。
丁寧にいろいろ答えてくださり、ありがとうございました。
本投稿は、2020年09月03日 01時12分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。