質問します。

　回答します

　加算税・延滞税は本税に対してかかります。9万円ではなく、9万円を加えた所得金額の納税額と確定申告の納税額（修正納税額）に対し、税率が掛けられ通知書が送られます。
　また、「認定賞与」とのことですので、源泉所得税の追徴額にも加算税が課税されます。（源泉所得税額は、当該役員が負担します）
　ただし、加算税の金額が5000円未満の場合は通則法の規定により賦課されないこととなっています。
　
　加算税の税率については少し古いですが、国税庁のパンフレットを参考にしてください。
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/sonota/kasan.pdf

大変申し訳ないのですが、当方税に関して全く無知な為、本税をわかりやすく説明していただけるとありがたいです。
本来、年収が500万であればそれに90,000円足して計算するのでしょうか？

　個人か法人かによって税金の計算方法は若干異なりますが、所得税（個人）も法人税（法人）も所得金額に税率を掛けて、税額を算出されます。
　また、一般に、所得金額に税率を掛けたものが「本税」と言われますが、修正申告などの場合、追加で納付する税金を「本税」とか「追徴税額」を表すことがあります。先の回答では「追加で納付する税金」のことを指します。分かりずらく申し訳ございませんでした。
　なお、「所得金額」≠「収入」　のため、説明いたします。

　さて、今回は「認定賞与」というご質問でしたので、法人の場合の税金の計算方法をザックリと説明いたします。
　法人の場合の「所得金額」は
　益金ー損金＝（法人）所得金額　という計算式で計算されます。
　会計上の、収入金額　ー必要経費　＝当期利益金額　をベースに、税務上、収入（益金）とならないものをマイナスし、経費（損金）にならないものをプラスして計算されます。

　このように計算された所得金額に、法人税率を掛けたものが「法人税」です。
　「税務調査で「認定賞与」とされた」とは、他の損金（経費）科目で計上されていたものが、役員の賞与として認定されたことを指します。
　役員賞与は、損金として認めらえないため当初申告した法人の所得金額にその金額（今回の質問ですと90,000円）がプラスされ、修正申告書を提出し追加の納税をすることになります。
　例えば、法人の当初提出した申告の所得金額が100,000円であれば
　当初法人税額は　100,000円×　15％　＝　15,000円　となり
　修正申告による法人税額　（100,000円+90,000円）×15％＝28,500円
　修正申告による追徴税額（本税）は
　28,500円　-　15,000円　＝13,500円　となります
　この13,500円が、加算税・延滞税の計算対象になります。

　法人税率について、国税庁HPの説明箇所を参考に添付します。
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5759.htm
　

大変詳しくありがとうございました！

ベストアンサーをありがとうございます。
　詳細が分からないため、ザックリとした回答で失礼しました。
　追徴税額も、あくまでも参考としてご理解ください。