住宅ローン繰上返済について質問です。

住宅ローンを一括返済したということのみでは、まず、税務調査は行われないでしょう。
問題視されることは、一括返済した資金の出所です。
例えば、
①返済の直前にご自身の名義口座に預金残高がなかったにもかかわらず、一括返済されたこと
②住宅ローンを組む前から預金残高が十分にあったということだけでは問題にはなりませんが、その残高を成した資金の出所が明確ではないこと
　つまり、ご自身の収入に見合わない預金残高（預金の動き）があること
税務調査の対象となるのは、上記のような事実の有無だと考えられます。
仮に、税務調査が行われたとしても、返済資金が正当に蓄財されたものであれば問題にはならないでしょう。