税務調査で会社にメルカリの情報がもれないか心配です

貴方の税務調査ではないので直接的には関係ないと思いますが、問題なのは「会社で購入したものが使ううちに不要になり、メルカリ等で販売することもありました。」です。
会社にメルカリのことを言っていないのであれば、不要になったものを貴方が売っていることは税法上の問題ではなく刑法上の横領に問われる可能性があります。貴方がメルカリをしていることを知られたくないというレベルの話ではありません。
調査の過程で、この行為が発覚しないとも限りませんが、税務署は横領（刑事罰）を問う機関ではありません。
但し、横領の事実が発覚すれば会社から訴えられる可能性はあります。
横領については税理士は専門外なので弁護士にご相談ください。

大変申し訳ありません、言葉が足りませんでした。
不要になったものとは、「会社で購入した、自分のもの」です。すみません。

ただ同じものを会社で販売しているので、横領と取られないかという心配でした。宜しくお願いします。

ちょっと分かりにくいですね。すみません。

「会社で扱っている商品で、自分で購入したもの」
ですね。
失礼致しました。

貴方が会社から購入したものであれば、貴方のものですから横領にはなりません。
会社の税務調査と貴方がメルカリで販売していることは関係ありません。

前田さん、丁寧な説明ありがとうございます。

ただし、疑われることがあるのではないか？との懸念です。たとえば、顧問税理士さんなどに進言する、などのことは考えられないでしょうか？

会社の税務調査は貴方の税務調査ではありません。
税務調査は国税通則法によって調査目的の明示が義務付けられており、貴方の調査をするわけではありませんから、顧問税理士に何を進言するのかわかりませんが、会社の調査に関係ないことを調査官が言うこともあり得ません。

前田さん、ありがとうございました。
よく分かりました。本当に助かりました。