無申告

　税務調査になった場合には、過去の事業の状況も把握されることになると思います。

その場合、隠蔽などと見なされ、重加算税になってしまいますでしょうか？

重加算税は、申告しなかった場合に、その前提として仮装隠ぺいの事実があったか否かにかかってくると思います。例えば、他人名義を使用するとか、故意に売上を除外しているとか二重帳簿を作成するとかいったことです。調査官が調査で把握した事実に基づいて判断されることになります。

一部売上を家族のところに入金され、その後自分のところに入金されれば特に問題ないでしょうか？

その点は何とも言えません。税務署側の判断によるでしょう。
　税務署側の判断に不服があるときは不服申し立てをすることができます。