企業が源泉所得税の計算方法を変えることはありますか？

あります。
税務署の指導などにより変えます。

源泉税は、原則は、税込み金額から引くことになっています。
相手から請求書が来て、税抜き金額の記載があり、それを基にして、源泉税を計算するときには、その方法を認める。

それ以外の時は、全て、税込みです。

どのように引かれても、確定申告により引かれた金額を所得税に充当すればよいので、戸惑う必要はないと、思います。

分かりやすいご回答ありがとうございます。

重ねての質問になり恐縮ですが
請求書では税抜き金額に基づいた計算で記載しておりまして
いざ入金されると税込み金額だった、というのが現状なのですが
仮に企業側の計算方法が税抜き→税込み金額に変わったものとして
どのような手続きが必要なのでしょうか…私側からの請求書の再送付が必要になりますか？

仮に企業側の計算方法が税抜き→税込み金額に変わったものとして
どのような手続きが必要なのでしょうか…私側からの請求書の再送付が必要になりますか？
私のほうは、インボイスの登録事業者ですか・・・。
そうでなければ、税込みになるでしょう。
そうでないのに、変わるのは、なぜだかわかりません。
企業に聞いてください。

私はインボイス登録事業者ではないので、変更になった理由はよくわからない、ということになりますね…
企業側に問い合わせてみます。
親切にご回答いただきありがとうございました。

私はインボイス登録事業者ではないので、変更になった理由はよくわからない、ということになりますね…
多分経理が、登録事業者でなければ、消費税を別途請求できない。ので、支払う金額を内税とといらえたのでしょう。
そこで、税込みから源泉税を引くに落ち着いたのでは。
インボイス制度は、魔物です。
知らない人にとっては、地獄の法律のように思います。
余り地数かないようにしてください。