青色専従者（年度中途～）の源泉徴収と年末調整について

この場合の領収済通知書への記入は支給額496,000円、税額3,600円、年末調整による超課税額▲3,600円、本税と合計額0円とし、税務署には書類のみ提出して納税せずという理解で合っていますでしょうか？

あっています。
②８月に賃貸物件に転居し市町村が変わりました。市町村への転居届は出していますが税務署へは住所変更の連絡はしておりません。この場合、印字済みの住所、税務署名、税務署番号を修正し、現住所を管轄している税務署宛に提出するのが良いでしょうか？

それでよいです。
前年度の住所を書けば、税務署もわかります。
よろしくお願いいたします。

結論
① ご提示の記入イメージ（支給額496,000／税額3,600／年末調整超過▲3,600／本税0／合計0）で概ね整合します。
→ 納付は0円になりますが、所得税徴収高計算書（納付書）は「0円でも提出」する運用が無難です（提出省略は避けたい）。

② 税務署（納税地・所轄）は、放置せず「納税地の異動（変更）届出」を出して整えた方が安全です。
賃貸が「事業所NG」でも、税務上の納税地を“現住所”にすること自体は通常問題になりません（登記可否や店舗利用可否は大家ルールで、税務の納税地とは別問題）。
郵便物が困るなら、送付先だけ実家にするのが一番きれいです。

① 納期の特例（7～12月分）と年末調整還付3,600円の書き方
1) 数字の整合
月給10万円で 源泉720円／月 × 5か月＝3,600円
年末調整で 3,600円を還付
→ 7～12月の「納付すべき源泉所得税」は 0円 になります。
したがって、相談者様の理解どおり
支給額：496,000円（99,280×5か月を“支給額”にしないで、本来は総支給＝100,000×?で管理が原則ですが、納付書上の「支給額」欄は“支払った給与総額（源泉前）”で合わせてください）

税額：3,600円
年末調整による超過税額：▲3,600円
本税：0円
合計：0円
のロジック自体は合っています。

2) 重要な実務ポイント
「支給額」は源泉前（総額）で統一してください（99,280は手取りなので、ここに入れると帳尻が崩れます）。
7月半月分があるなら、その“源泉税額”が0円でも「支給額」は7～12月の期間に含めるのが原則です（納期特例の集計対象期間に入るため）。
7月分を別で0円提出済みとのことですが、「7月に給与支給があったのに支給額欄が完全にゼロ」だと、形式的に気持ち悪い帳票になりやすいです。
すでに提出済みの扱いをどう整えるかは、提出済み用紙の記載内容（支給額欄が本当に0か）次第なので、ここは安全に「提出済み控え」を見て整合する形に寄せるのがよいです（税務署に電話確認でも可）。

3) 「0円なら提出しなくていい？」について
0円でも提出しておく方が安全です。
「納期特例の承認を受けている＝その期間の徴収高計算書を出している」状態の方が、後から説明が楽です。

② 引っ越し後の税務署・住所の扱い（納税地と所轄）
まず前提整理
所得税の「納税地」は原則 住所地。
ただし、事業所等を納税地にする届出も可能です。
賃貸契約の「事業利用不可」は、基本的に大家・管理会社との契約ルールで、税務の納税地とは別軸です。
→ “税務署に現住所を出したら違反”という話には通常なりません。

おすすめ
納税地は現住所にして、送付先（郵便物）を実家に寄せるのが一番揉めません。
やることはシンプルです。
「所得税・消費税の納税地の異動（変更）に関する届出書」を提出
郵便物が困るなら、税務署に送付先（実家）を合わせて設定（届出書で対応できることが多い）

「印字済みの税務署名等は手書き修正でいい？」
手書き修正でも通ることは多いですが、初回ほど新様式（現所轄の納付書）に揃える方が無難です。
e-Taxや会計ソフトから出力できるなら、所轄・税務署番号が自動で合うので事故が減ります。

竹中先生　迅速なご回答ありがとうございます。すっきりしました。
良波先生　丁寧なご回答ありがとうございます。支給額タイプミスしていました（496,400円）。会計ソフトを使う予定で銀行口座の振込記録（99,280）と連動する時に齟齬がない方がよいかなと思っておりましたが12月中に3600円追加振込しているのでシンプルに総支給額で出そうと思います。納期区分も0708-0712ではなく0707-0712にして5か月半分まとめてe-Tax提出を試みようと思います。
確定申告時にまた質問をするかと思いますが、どうぞよろしくお願いいたします。