源泉徴収票、年末調整について

国税OB税理士です。
税法の問題ではありませんが、結論から言いますと把握していません。

税務署は、会社に対して、源泉所得税の問題や疑問があれば調査を行います。

　あくまでも、一般論です。
　ご質問に対する理由は、税務署と納税者の事務負担の軽減と、地方自治体（役所）を経由した情報把握システムが確立されているためです。
　税務署は「全件」をチェックしているのではなく、高額所得者や特殊なケースを税務署が直接監視し、一般的な給与所得者は役所（市区町村）を通じて間接的に把握する仕組みになっています。
　国税庁の規定により、税務署への提出が必要な源泉徴収票（法定調書）は、特定の条件に該当するものに限定されています。
　提出不要な理由としては、事務の効率化が挙げられます。年間500万人以上の事業者が存在し、全従業員（約6,000万人）の書類を税務署が直接受理・管理するのは非効率です。そのため、一定金額（一般社員は500万円、役員は150万円など）を超える場合や、中途退職などの「動き」があるものに絞って提出させています。
　250万円以下のケースですが、所得税法の施行規則に基づき、一般社員で支払額が500万円以下の場合は税務署への提出義務がありません。250万円という基準は、主に弁護士や税理士への報酬や、退職手当などの特定の区分で用いられる基準です。
　税務署は個人の納税状況をどう把握しているのかについてですが、会社員個人のデータは、以下のルートで最終的に国（税務署）や自治体が共有しています。
　会社は、源泉徴収票とほぼ同一内容の「給与支払報告書」を、従業員が住む市区町村へ全員分提出する義務があります。これにより、役所は住民全員の年収を把握します。税務署と市区町村はシステムで繋がっており、必要に応じて情報を照会・共有できる仕組みになっています。

　会社は毎月（または半年ごと）に、全社員から徴収した所得税をまとめて税務署に納付します。この際、合計人数と総額を報告するため、税務署は「その会社が全体でいくら払っているか」を常に監視しています。
　現在はマイナンバー制度により、給与、年金、確定申告等の情報が個人単位で効率的に名寄せされています。
　このように、個別の源泉徴収票が税務署に届かなくても、自治体側のデータ（住民税の課税資料）があるため、個人の所得が「ブラックボックス」になることはありません。

山口勝己 様

詳しく、ご回答有難うございます。

・年末調整をしなかったもの
（1）「給与所得者の扶養控除等申告書」を提出した方で、その年中に退職した方や、災害により被害を受けたため給与所得に対する所得税および復興特別所得税の源泉徴収の猶予を受けた方については、その年中の給与等の支払金額が250万円を超えるもの
→その年中に退職した者に焦点を絞った場合、税務署への源泉徴収票提出対象は、下記どちらの理解が正解でしょうか？
①その年中に退職し、なおかつ支払額250万円を超えている者
②その年中に退職した者(支払額は問わない)

度々の質問で恐縮ですが、ご回答いただけると助かります。何卒よろしくお願いいたします。

①その年中に退職し、なおかつ支払額250万円を超えている者　ですね

https://www.nta.go.jp/publication/pamph/hotei/tebiki2025/PDF/02.pdf

山口様
大変助かりました。
詳しくご教示いただき感謝いたします。

参考になれば幸いです。よろしくお願いいたします。