住民税通知書で年末調整の経理ミスが発覚。今後の対応について

税務署に確定申告をすることになります。申告データは自動的に自自体に送付されます。

出澤先生ご回答ありがとうございます。確定申告は「会社」ではなく「社員個人」が行う、という認識で合っていますでしょうか？また、その際に（会社として）税務署に連絡、相談などの手続きは必要ないのでしょうか？重ねてお教えいただければ幸いです。よろしくお願い致します。

ご認識の通りになります。なお、原則として税務署には法定調書合計表(500万円超の場合は源泉徴収票も再提出)の再提出が必要になると思います。

出澤先生、休日にも関わらずご回答いただきありがとうございます。法定調書合計表の再提出のアドバイスもありがとうございました。

障碍者控除の錯誤を、会社側の年末調整のミスと整理するならば、年末調整をやり直して、源泉徴収票も再発行して、源泉徴収税額も再納付して、法定調書も再作成します。

あくまでも給与所得者側のミス（年末調整の際の過誤報告）として整理するならば、修正申告のみで、法定調書の再作成は不要となります。

住谷先生、ご回答ありがとうございます。「給与所得者側のミス（年末調整の際の過誤報告）」として整理する場合、給与取得者本人がe-taxで修正申告し、会社側は（税務署に対して報告・相談などを含め）何もしなくて良い、という理解であっていますでしょうか？重ねてお教え頂ければ幸いです。よろしくお願い致します。

ご質問者様のご認識の通りです。
確定申告で修正する場合には、法人側での処理は一切不要となります。

論点としましては、手続きの負担と、ペナルティを会社か雇用者かどちらが負担するかになりますが、年末調整のやり直しのほうが手続きの負担が大きいので、通常は修正申告をするだけで何もしないのが実務よりだと思われます。

住谷先生、質問者の心情に寄り添っていただいた上でのご回答に感謝申し上げる次第です。先生のお教えの通りさせて頂こうと思います。本当にありがとうございました！

安心して頂ければ何よりです。
そして事務負担が減るのが大事ですよね。