扶養控除等申告書源泉徴収なしで甲で計算していた。従業員が確定申告して納税していれば問題ない?
従業員の給与計算で源泉徴収を計算する時、いつも全員甲欄で計算していました。
給与計算担当の前任者がそのようにしていたので、何の疑いもなくそのようにしていたのですが、先程、甲欄を使うには「給与所得者の扶養控除等申告書」を従業員に提出させないといけないと知りました。
弊社のみで働いている人、ダブルワークの人、両方います。
弊社では年末調整をしてなくて(本当はしないといけないのですが、、、)、それぞれ従業員に確定申告してもらっています。
そこで質問なのですが、
「給与所得者の扶養控除等申告書」を提出させていないのにもかかわらず甲で計算していたということは、会社の源泉納付額が明らかに少ないわけですが、従業員がそれぞれ確定申告をしていれば、従業員がその分多く収めることになるので、計算上は結果一緒になって、問題ないのでしょうか?
それとも、「申告書」を提出させていないにもかかわらず甲で計算していたことが税務署にばれた場合、実際はこうなりますというようなことがあれば教えてください。
また、今からできることはありますか?
よろしくお願いいたします。
税理士の回答

本来の「乙欄」で源泉すべき金額と実際に徴収した差額分が源泉徴収漏れということで事業者から追加徴収されることになります。きちんと確定申告し課税関係が終了している人の分は還付されますが、源泉所得税は支払った日の翌月10日までに納付しなければならないことから差額分に対する延滞税等が課されます。今から正しく徴収するようにしてください。
回答ありがとうございます。
「給与所得者の扶養控除等申告書」は税務署に提出する必要はありますか?
それとも会社で保管しておけばいいのでしょうか?

会社の保管で十分です。税務調査を受けたときにたまに「扶養控除等申告書」を見せてくれと言われることがあるので保管だけはしっかりしておきましょう。
詳しく説明いただきありがとうございました。
本投稿は、2020年09月14日 18時59分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。