源泉徴収票の総支給額について

ご質問の事実関係からはっきりしたことは分かりませんが、通勤手当は非課税ですので源泉徴収票の給与支給額には含まれないために差額が生じているのではないでしょうか。

ご回答ありがとうございます。
通勤手当を引いてもまだ12万円ほどの差額がありました。
昨年退職しており、会社に電話しても忙しいと言われまともに答えてくれません。
在職時もコロナの影響で給与計算方法が一方的に変えられ、基本給や最低賃金にすら満たなかったりしたので、労働組合にも相談しましたが「この支給に納得できなければ退職するしかない」などの答えで正確な計算式も分かりません。
もし通勤手当以外にも差額が生じる理由、事例などがありましたら教えていただきたいです。

給与明細と源泉徴収票を見ないと分からないですね。
この税務相談では無理がありますので、税務署か地域の税理士による無料相談会場で確認されてはいかがでしょうか。

かしこまりました。やはり源泉徴収票を直接みて頂かないと無理がありますね。
ありがとうございました。
また他の質問で機会がありましたらよろしくお願い致します。