年末調整の申告について

妻が実際に保険料を支払しているのであれば、妻の年末調整で控除します。

昨年まで所得が低かった為、夫払いでした。どちらが税金が抑えられますか？

所得税の税率はご主人が高いと思われますので、ご主人の方から控除する方が税金は抑えられると思います。その場合、ご主人が保険料を支払していることが条件になります。