年末調整　確定申告

年末調整の還付は源泉徴収し過ぎていたものに対する返還ですので、法人成りしたばかりで源泉徴収していないのに還付ということは通常起こり得ません（他社で働いていたなど源泉徴収されていた場合は除く）
文面だけでは原因まではわかりませんが、設定不備などにより正しく計算できていないと思われますので年末調整せず確定申告した方が無難かと思います。

回答ありがとうございます。前職1ヶ月分の給与、個人開業してからの副業アルバイトの給与、法人成りしての1ヶ月分の役員報酬があるので、1ヶ月分の役員報酬で年末調整した時に、控除額の方が多くなっています。
ご教授お願いします。

結論
法人（法人成り後の役員報酬）の「年末調整」は、原則としてその法人が支払った役員報酬の源泉税の範囲でしか還付できません。
→ 1回しか役員報酬を出しておらず、そもそも源泉徴収がほぼ0円なら、法人側で大きな還付が出ること自体が不自然です。
前職や副業アルバイトの源泉税を取り戻したい場合は、原則 本人が翌年に確定申告で精算します（会社の年末調整だけで完結しないことが多い）。
よって、今回のように収入が複数（前職給与・副業給与・役員報酬・個人事業）あるなら、法人の年末調整は「その法人分だけ」きちんと行い、最終的な還付・納付は個人の確定申告で一本化が安全です。
※会計ソフト上で「来年の源泉から返す」設計になっているなら、設定の誤り or 年末調整の前提（扶養・控除・前職源泉の入力）をソフトが誤って解釈している可能性が高いです。

理由
年末調整は「その給与支払者が預かった源泉所得税」を、年税額に合わせて精算（還付 or 追徴）する制度です。
したがって、その法人が預かっていない税金を、法人が還付することはできません。
他社（前職・副業先）で天引きされた源泉税は、通常は他社では戻せないので、最終的に本人の確定申告で精算します。

実務の進め方
法人側（役員報酬の支払者）
役員報酬が11月法人成り後に1回だけなら、年末調整は「その役員報酬分だけ」でOK。
前職分・副業分を法人の年末調整で“還付させよう”としない（ここが混乱の元です）。
前職の源泉徴収票を入力する欄がソフトにありますが、それを入れると「この法人が還付する」動きに見える場合があり危険です（ソフト仕様次第）。
→ 法人では無理に還付しようとせず、個人の確定申告へ回す方が安全です。

個人側（確定申告）
前職給与・副業給与・役員報酬（給与）を合算
さらに個人事業（法人成りまでの期間）の所得も合算
そこで年税額が確定し、源泉徴収された税額（前職・副業・役員報酬で天引きされた分）を差し引いて、還付か納付かが決まります。

つまり、個人事業の納税から“法人の年末調整の還付”が控除されるという話ではなく、確定申告の中で全部精算されます。

このたびはありがとうございました。