年末調整 障害がばれますか？

質問者様の入社の経緯や個人的事情などについては不明な部分がありますが、一般的には障害者の欄に丸が記載されていればわかります。
対処法としては、税務署指導のとおり、現在の勤務先には前職の源泉徴収票を提出せずに、年末調整は未了のまま源泉徴収票をもらい、ご自身で確定申告をすることです。
しかし、これは単なる対処法であって来年以降も同じで根本的な解決法ではありません。
以上、誤解なきようご理解ください。

大変ありがとうございました。実は 先程 再度 税務署にも相談させて貰ったのですが 提出せずで良いと言われて安心しましたが 会社は それでも提出をお願いしたいとの事でした どうしても 提出しなければならない物でもないとの事もお聞きしたのですが 会社はそれでも 提出を求めて来ており 会社的には何を根拠に そこまで 提出を求めて来るのでしょうか？

追加となります たまたま障害者枠で仕事をして見て合わなかった為 退職して一般枠での仕事に就きましたが どちらにしても事情があり １月末には退職予定でおります 会社側にはどうみられても構いませんが 提出期限を過ぎても 提出して下さい と言われてしまい 税務署の方にも まだ源泉徴収票がこないと何かしら理由をつけたらと言われてました。 このまま さいそくがくるまで 構わないでも良いでしょうか？

催促が来ても税務署の方が言うとおり、「まだ源泉徴収票が送られてこない」とか何とか理由をつけてほっておけば、経理担当者も12月の一定の時期には年末調整を終了しなければなりませんので諦めるでしょう。
以上、誤解なきようご理解ください。