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過年度の年末調整について

年末調整の見直しをしていたら、自分の計算と合わず、原因を探っていたら、源泉徴収票の支払金額が交通費(通勤手当)込みになっていました。(合わない金額が1年分の交通費とぴったりでした。)
毎月給料の所得税は交通費非課税になっています。
年末調整の支払金額から非課税交通費分を引いて計算すると、追加で12200円還付金があります。
しかも会社のミスなら社員全員の可能性があります。
対応を教えて下さい。
社員は1000人は越えていますし、事業所ごとでも数百人いますので、間違いとは思いづらいのですが、あえて交通費込みで申告することはあるのでしょうか。(社員のため等)
交通費は1年で15万弱です。

1. 計算は間違っていないのか?
2. 過去3年遡って計算したが、全て込みでした。入社してからの可能性があります。(10年以上)払いすぎた税金は返ってきますか?
3. 市県民税も変わってくるとおもうのですが、返ってきますか?

税理士の回答

国税OBです。私自身の源泉所得税の計算で、国税局が間違っていたこともあるので、大会社でも、絶対に間違いがないとは言えないと思います。
ただし、交通費の非課税限度額を超えているので課税扱いになったのかは、念のため確認が必要かとは思います。
もしかしたら、たんじゅなる計算ミスかもしれないし。
1 源泉所得税の計算は、間違っている可能性があると思われます。
2 5年分です。後は、会社が間違っていたのならば、会社がどれだけ負担するか?
3 当然所得税を直した年分に対する住民税も変わってきます。
※12/31を過ぎると1年分損してしまうので、早めに経理部等に申し出た方がいいかもしれません。

早々のご回答ありがとうございます。
交通費は1カ月15万円ではなく、1年の合計(月12000円程度)なので、越えてないと思うのですが、やはり
年末調整では非課税交通費は入らないということですね。
早めに申し出ようと思います。

 そうしてください。信じられないけどエクセルの計算式が単純に違ってきたなんてこともあるし、いずれにしても、ご自分の検証結果を伝えてみてください。

本投稿は、2022年09月05日 22時23分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。

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