役員報酬の変更について

事業年度開始の3ヶ月以内に臨時株主総会を開いて、報酬額を決定し、議事録を作成と書いてありましたが、それで正しいでしょうか？

→正しくありません。臨時株主総会ではなく定時株主総会です。
役員の任期は定時総会から翌年の定時総会と解されており、報酬もその任期に応じたものであって、法人税上の定期同額給与等の役員給与もこの考え方に準じていると考えられるからです。
会計年度初日から3ヶ月以内というのは、一般的に定時株主総会は決算期末から2ヶ月以内、上場企業等は3ヶ月以内、非上場企業でも申告期限の特例の承認を受けていれば3ヶ月以内だからです。

また、その後、税務署等への届けでは必要ですか？その他に届出や必要な手続きがありましたら、教えてください。

→税務署他への届出はありません。

また、増額した役員報酬は、いつから支給してよろしいものでしょうか？

→定時株主総会で決議した支給時期からです。