会計ソフトについて

総勘定元帳、仕訳帳、補助元帳などは保存しておいたほうが良いのでしょうか。


上記のみでしょう。
仕訳日記帳のあったほうが良い。

また、保存をする場合使用している科目のみでいいのか、使用していない科目も含めたほうが良いのかどちらでしょうか。


期首期末で残があれば、それも含めます。

総勘定元帳、仕訳帳、補助元帳などは保存しておいたほうが良いのでしょうか。

　⇒　保存は必要になります。
　　　なお、使用していない科目（勘定）にかかる帳簿は、特に必要ありません。

もし必要な場合、他にしておいたほうが良いものがあれば教えていただけますと幸いです。

　⇒　御社でどのような帳簿を作成しているか不明ですが、会計ソフトで作成したもの以外としては、請求書や領収書の控え、見積書や納品書なども保存する必要があります。

　国税庁HPから参考箇所を添付します
　記帳や帳簿書類の保存、青色申告（個人事業者）
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/koho/kurashi/html/01_2.htm
　帳簿書類等の保存期間（法人）
　https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5930.htm