法人として投資用アパートの引き渡しの際に物件の費用6000万円を決済いたしました。

物件価額6000万円を土地代と建物代に区分する必要がありますが、ここでは土地代4000万、建物代2000万円と仮定して回答致します。
また、固定資産税の精算金も土地分と建物分を区分する必要がありますが、ここでは土地分を7万円、建物分を5万円と仮定して回答致します。
そして、司法書士への支払いに関しては、司法書士の報酬と登録免許税を区分する必要がありますが、報酬を10万円、登録免許税が50万円と仮定して回答致しますので、ご了承ください。

①　(借方)土地　4000万　(貸方)現金預金　6000万
　　　　　建物　2000万

②　(借方)土地　7万　　(貸方)現金預金　12万
　　　　　建物　5万

③　(借方)租税公課　50万　(貸方)現金預金　60万
　　　　　支払手数料　10万

④　(借方)現金預金　6072万　(貸方)長期借入金　6072万

以上のような仕訳になると考えます。宜しくお願いします。

仮条件を設定し丁寧なご回答に感謝申し上げます。土地と建物を別々に仕訳していく必要があるという点、司法書士先生にお支払する分についても租税公課と手数料を分けて仕訳が必要という点についても大変参考になりました。

ご連絡ありがとうございます。
建物に関しては減価償却費の計算がありますので、必ず土地と建物に区分して処理することが必要です。
また、司法書士さんに支払う登記費用には、消費税がかかる司法書士報酬と消費税がかからない登録免許税の両方が記載されていますので、消費税の計算上、区分して処理することが必要になります。
以上、ご参考になれば幸いです。