社外飲食接待を交際費等でなく会議費等とする1万円基準の判定が店舗毎で問題ないか

そもそも、社外飲食費は接待交際費であることが前提です。
ひとり1万円以下だから会議費、1万円超だから接待交際費ではありません。
いずれも接待交際費です。

接待交際費であることを前提に、1店舗毎にひとり1万円以下のものは、その事業年度の損金算入限度額にかかわらず、損金算入にする制度です。
1万円以下かは、店舗毎に判断で良いです。

1万円基準は、勘定科目を会議費にするための基準ではなく、一定の飲食費を税務上の交際費等から除く制度です。一次会・二次会がそれぞれ独立した飲食なら別々に判定しますが、実質的に一体の飲食を分割した場合は合算します。運営会社やインボイス番号の同一性だけでなく、店舗・利用時間・参加者・飲食の実態を確認することが大切です。両店の領収書と参加者等の記録をそろえ、お近くの税理士事務所へ具体的な取扱いをご相談ください。