上場株式への投資は投資有価証券かその他有価証券か

本来は、ご記載のように売買目的と配当目的で長期保有を分けて表示するのが原則です。
売買目的有価証券は期末時価で評価替えをし含み損益を所得計算に反映する必要があるため、ご記載のように扱うと言っているのかもしれません。

早速のご回答ありがとうございます。私としては期末の評価差額の税務上の取り扱いの違いがすごく気になっています。
配当目的の有価証券はその他有価証券として部分純資産直入法で評価差額を処理できれば本業以外での納税額のブレを気にしないでいいと考えているからです。

通常、売買目的の有価証券は売買目的有価証券として流動資産に計上し、長期保有目的の有価証券は投資有価証券やその他有価証券として投資その他の資産に計上します。
期末時価評価替えにより損益認識を行うのは前者です。
顧問税理士がどちらで処理すると言っているのか改めて確認され、その上でご質問者様の意思をお伝えされればよろしいかと思います。
よく相談してください。

はい、よく分かりました。
ありがとうございました。