公益法人のみなし寄付金について

「別表十四(二)で損金算入分減らす」という処理が何を意味しているのかは分かりませんが、
公益法人等の「みなし寄附金制度」を利用して、収益事業の利益を非収益事業の充てたものとして処理するということだと思われます。
「みなし寄付金制度」とは、「収益事業に属する資産のうちから収益事業以外の事業のために支出した金銭等の金額がある場合には、その支出した金額を収益事業に係る寄附金の額とみなして、寄附金の損金算入限度額の範囲内で損金算入を認める制度」です。

したがって、収益事業の損益計算書を作成し、この損益計算書の利益を「寄付金」とみなして、別表十四(二)を作成し、これに基づき法人税確定申告書を作成することになります。

なお、e-TAxでは、決算書（B/S、P/L）はe-TAx所定の様式で、収益事業の損益計算書はイメージデータで添付して提出することができます。