決算を間違えて資本金を減額してしまいました。更生できますか？

1期目から、決算申告をし直してください。
株主総会を開いて、訂正の報告を行ってください。
それに沿って、もう一度申告をし直してください。

ご回答ありがとうございます。社内的には株主総会、とのことですが、一期の修整で二期以降も連動して修整必要ですが、それも都税事務所に変更の紙を出せばいいだけ、でしょうか？　株主総会の報告書や株主全員（同族会社なので3人しかいません）の印鑑なり、株主総会での決定である旨の通知書などは必要ではないでしょうか？　何分無知なもので、もう少しだけ教えていただけませんか？

都税事務所には、国に申告した内容が自動で計算されます。
出すのは、国だけです。
臨時株主総会での、新たに認められた決算書で、1.2期を修正または、更正をします。
株主総会の成立の参加者だけでよいです。
もしよければ、電話ください。
記載だけでは、難しいです。

ありがとうございます。丁寧にありがとうございます。赤字決算なもので、法人税の均等割を支払わなければいけないのが都税事務所だったもので勘違いをしておりました。そうですね。確かに法人所得税と決算は国の専権事項でしたね。ありがとうございます。