古物商人が棚卸資産の売却を行なっても問題ない？

　税法上の問題よりも、古物営業法での問題に該当するかと思われます。
　リサイクルショップは一般的に有償で古物を買い受けしてそれを販売しており、古物商許可が必要になりますので、同業の古物商と考えます。
　同業者売買は特に制約はないかと存じますが、古物商同士の取引なら、どんな場所で行っても構いませんので、売り手買い手とも営業制限違反には抵触しないと思われます。また買い手の同業者は、当然こちらの氏名や住所などを確認できますので確認等義務違反にも相当しないと思われます。
　帳簿等記載等義務についてですが、古物業者は、古物営業法に定められた取引の記録を古物台帳に記入する義務があり、古物台帳には『いつ』、『誰から』、『どんな物を』仕入れ、その古物を『いつ』、『誰に対して』販売した記録を残しておく必要があります。古物の取引は盗品が混じる可能性がありますので、盗品が流通した場合に警察は古物台帳の情報を基に捜査を行い、盗品がどのようにして流通したか調べていくためです。ただし古物業者はすべての取引を台帳に記載する必要なく、犯罪に利用されにくい一部の品目の場合や、少額の取引の場合には、古物台帳に記録する義務が免除されています。
　しかし税法上の帳簿等の記帳保存義務とは別であり、古物台帳とは別に全ての仕入れを記録する必要がありますので、古物台帳では記載が不要となる一部の品目や、少額の取引の場合であっても記録して頂かなければなりません。
　ですからリサイクルショップへの売却についても、取引を全て正しく記帳して頂ければ問題はないとの解釈でよろしいかと考えます。

　なお、インボイス制度において適格請求書等の保存が仕入税額控除の要件となりますが、古物商や質屋の行う一定の取引については、適格請求書等の保存が不要（帳簿のみの保存）で仕入税額控除を行うことができる特例（古物商特例・質屋特例）が設けられています。

そうなのですね！僕の場合、トレーディングカードなどをリサイクルショップで売れ残り処分をしようとおもっているのでその場合は、金額関係なく記載義務ががないとおもうのですが、確定申告に使う帳簿にのみの記載でも問題ないでしょうか？

　ご質問のとおり「トレーディングカード」などの売却の場合は、金額関係なく記載義務ががないと思われますので、古物台帳に記録する必要はないと考えます。お考えのとおり確定申告に使う会計帳簿に売上を正しく記帳して、リサイクルショップの買取明細等を保存して頂ければ問題ないと考えます。

とてもわかりやすかったです！
ありがとうございました^ ^