譲渡所得の申告について

ご回答申し上げます。
譲渡所得には特別控除枠として50万円ございますので、ご質問者様に他の譲渡所得がなければ、申告の必要はありません。

もし、他の譲渡所得がある場合は以下の通り計算されます。

課税譲渡所得金額＝収入金額－(取得費＋譲渡費用)－特別控除額（50万円）

取得費には、例えば以下のような費用が含まれます。
・譲渡した資産の購入代金
・購入時の手数料
・設備費
・購入後にかかった改良費

譲渡費用には、例えば以下のような費用が含まれます。
・譲渡の際に支出した仲介手数料
・登記および登記に必要な費用
・運搬費

以上、ご参考になりますと幸いです。

社員になる前に買い取ってもらう場合となった後に買い取ってもらう場合で違いはありますか？

原則違いはございませんが、社員になった後の売却では売却価格の設定に、より注意を払う必要があります。
すなわち、社員になる前に売却した場合は、第三者間価格とみなされますので税務上論点はございませんが、社員になる後に売却した場合は、適正でない価格での売買になっていないか、税務署から目を付けられやすいので、注意が必要であるということです。
勿論、取得価額・耐用年数・経過年数等を総合的に勘案して、40万円が妥当であると示すことが可能であれば、社員になる前後で特段変わるところはございません。
以上、ご参考になりますと幸いです。

参考になります。ありがとうございました。