インボイス下での支払い時の振込手数料について

仕入10,000/普通預金9,900（適確100％）仕入値引100（適確100％）

→こちらです。ご質問の内容は振込手数料を売手負担としているのに過ぎず、売手の売上値引き＝貴方の仕入値引だからです。
仕入値引なので納付税額が増えることになり、且つ、売手は少額返還インボイスの交付義務免除となるので厳密には仕入値引100（適格100％）の（）は関係ありません。
また、普通預金は対象外なので（適格100％）もありません。
そもそも、貴方が負担する振込手数料は金融機関に支払うものであって、金融機関から交付を受けたインボイスに基づいて仕入税額控除をします。
ご記載の仕訳だけで考えるから混乱するのであって、金融機関に支払った振込手数料の仕訳、支払手数料100（適格100％）/普通預金100（対象外）もあることをお考え下さい。

教えていただき、本当にありがとうございました。
大変、申し訳ありませんが、支払い時の振込手数料を売り手側が負担した場合の仕分けを教えていただけないでしょうか？
消費税の納付額を少しでも減らすことを考えた場合、振込手数料は買い手側の当社でこれからは負担したほうがいいでしょうか？　
質問が多くてすみません。
教えていただければ幸いです。よろしくお願いいたします。

売手が負担するのはあくまで振込手数料「相当額」であって振込手数料ではありません。振込手数料というのは振込をする人が金融機関に支払うものです。
このことを再確認してください。
売手が振込手数料「相当額」を負担する場合、インボイス制度下では現金預金、売上返還／売掛金です。
売上返還が振込手数料「相当額」です。
消費税の納税額を減らしたいだけであれば、請求された金額を全額支払い金融機関に支払った振込手数料を仕入税額控除するだけのことです。
売手に振込手数料「相当額」の負担を求めなければ仕入に係る対価の返還等に係る消費税額を仕入税額控除からマイナスしませんので。

わかりました。
そして、これからは振込手数料は当社負担し、税額控除できることを目指します。
早々のご回答いただき、ありがとうございました。