決算時における消費税差額の原因

決算期がいつなのか不明ですが、令和5年10月1日のインボイス制度施行後はインボイスでない課税仕入れの仕入税額控除は80％に制限されていますから、インボイスでない課税仕入れを確認されたら如何ですか？

理解が乏しく恥ずかしい限りですが、区分記載のものを誤って「適格」と判断し100%控除としていた場合は雑損失が大きくなるという認識でよろしいでしょうか？
一先ず、10月以降の仕分けを特に念入りに確認してみます。

例えば、仮払消費税等1,000、仮受消費税等2,000の場合
仮払消費税等1,000が100％仕入税額控除出来た場合、未払消費税等は2,000－1,000＝1,000なので、精算仕訳は
（借方）仮受消費税等2,000／（貸方）仮払消費税等1,000、未払消費税等1,000
になりますが、
仮払消費税等1,000がインボイスではなく80％控除の場合、未払消費税等は2,000－800＝1,200となり、精算仕訳は
（借方）仮受消費税等2,000、雑損失200／（貸方）仮払消費税等1,000、未払消費税等1,200
と200控除できなかった消費税が生じ、その分借方の損失が増えます。
つまり、インボイス制度によりインボイスでない課税仕入れについて控除仕切れない仮払消費税等が増えますから、雑損失も増える可能性があるということです。

上記の通りですので、追加質問は認識が逆で、インボイスでない課税仕入れを100％控除した場合は雑損失は小さくなります。

具体的な金額で例えて頂きありがとうございます！大変分かりやすかったです。
ご指摘いただいた部分を中心に、再度全体を見直してみます。