給与計算ミスによる源泉所得税の追加納付について
給与計算ミスにより発生した、源泉所得税の追加納付の処理について教えて下さい、
5月30日退職をした従業員がおり、その分の社会保険料を控除して給与支給してしまいました。
返金処理を行うために、社会保険料を改めて計算しなおしたのですが、結果として所得税まで変わってしまいました。
この場合、増えた所得税はどのタイミングでどのように納付したら良いのでしょうか？
普段はe-taxを使用していますが、追加分だけで新しく納付書を作成し、入力項目として、人員・支給額・税額の全てにミスをした対象の従業員の情報のみ入れる形となるのでしょうか？
（今回でいえば、人員：1、支給額：5月給与、税額：増えた分のみ）
ご教示頂けますと幸いです。
税理士の回答
etaxにおいて5月分の正しい納付データを作成して再送付し、差額分を追加で納付することになると思います。
作成時の入力項目はどのように入力すればよいでしょうか？
税額部分だけ差額を記入し、それ以外は正規の数字（全体の人員・支給額）を入力する形となりますか？
佐藤和樹
税額のみ差額を納付したい場合、e-Tax上の「給与所得・退職所得等の所得税徴収高計算書」には、下記のように入力してください。
■人員：
→ 修正対象となった従業員1名のみを入力（「1」と記載）
■支給額：
→ その従業員1名の「修正後の5月分支給総額」を記載
（差額ではなく、修正後の実際の支給額）
■所得税額：
→ すでに納付した税額との差額（追加分）のみを記載
（例：本来5万円 → 既納付4万円 → 差額1万円を入力）
■備考欄（任意）：
→ 「5月分修正による差額納付」などと記載すると丁寧
相談者様のご理解の通りになると思いますが、念のため所轄の税務署の源泉担当に確認されたほうが良いと思います。
ありがとうございます。
大変助かりました。
本投稿は、2025年07月14日 16時16分公開時点の情報です。 投稿内容については、ご自身の責任のもと適法性・有用性を考慮してご利用いただくようお願いいたします。
