クレジット ポイントによる値引

こんにちは。
仕入に際して値引きを受けた場合は原則として仕入の減額とします。
仕訳で示すと以下の通りです。
（仕入時）
仕入xxx/買掛金xxx
（値引きを受けたとき）
買掛金xxx/仕入xxx

ただし、割引（例えば、契約よりも早期に決済したために受ける割引など）は営業外収益として以下のように記帳します。
（仕入時）
仕入xxx/買掛金xxx
（割引を受けたとき）
買掛金xxx/仕入割引xxx[営業外収益]

これは、掛け取引の場合、支払を待ってもらっている期間の利息分を込みで仕入金額が設定されていると考えられるため、早期決済による割引は利息負担分の調整として会計処理するためです。
一方、値引きは通常、型違いや数量違い、良品ではなかったことに起因して「値引く」ことであるため、そもそもの仕入金額の減額として会計処理します。
会計理論的には以上の通りです。
単なる値引きであるなら仕入の減額としても粗利や利益率は変わらないはずなので特段の問題はないかと思います。
ポイントの利用についても、普段からその仕入先を利用していることのリベート的性質があるかと思いますので、上記の「値引き」に該当します。
以上、ご参考になれば幸いです。

ポイントは値引きですね。
ですが、仕入れと相殺したくないのであれば、貸方仕入の代わりに、貸方仕入値引き勘定を使えばよいだけのことでしょう。
上場企業でなければ、勘定科目はあまり気にする必要はありません。
消費税の何かの判定がひっくり返る可能性はありますが、そういう稀な場合を除いては、税務署は何も言いません。