車両の譲渡所得について

【結論】
結論から申し上げますと、収入金額100,000円から必要経費（取得費）1円を控除した99,999円から、特別控除99,999円を控除し、譲渡所得の金額は0円となります（質問者様の後者の処理方法が正しいです）。

【理由】
理由は以下の通りです。

・所得税法第33条第3項及び第4項の規定により、譲渡所得の金額は、総収入金額から取得費及び譲渡費用を控除した残額（譲渡益）から特別控除額を控除して計算します。この特別控除額は「50万円（譲渡益が50万円に満たない場合には、当該譲渡益）」とされています。つまり、特別控除額は譲渡益を上限として控除するものであり、譲渡益を超えて控除して損失（マイナス）を生じさせることはできません。

・所得税法第69条（損益通算）の規定により損益通算の対象となる「譲渡所得の金額の計算上生じた損失の金額」とは、総収入金額から取得費及び譲渡費用を控除した段階で生じた損失をいいます。特別控除額の控除によって生じる損失は、損益通算の対象とはなりません。

【具体策】
具体的には、以下の計算となります。

1. 譲渡益の計算：収入金額100,000円 - 取得費1円 = 99,999円
2. 特別控除額：99,999円（譲渡益が50万円未満のため、譲渡益と同額）
3. 譲渡所得の金額：99,999円 - 99,999円 = 0円

したがって、当該車両の譲渡に係る譲渡所得の金額は0円となり、損益通算すべき損失は生じません。

今村様
ご丁寧な解説をありがとうございます。

仕訳としては、課税事業者で税抜経理をしている場合、
（借方）銀行　100,000　（貸方）車両　1　仮受消費税　9,091　事業主借　90,908
で良いかと考えていますが、
譲渡所得申告書に記載する金額としては、
①収入金額90,909-必要経費1＝90,908-特別控除90,908＝0
もしくは
②収入金額90,908－必要経費1＝90,907-特別控除90,907＝0
のどちらが正しいでしょうか。

課税事業者であれば②が正しい処理になると思います。